재개발·재건축 사업에서 가장 복잡한 분야가 바로 양도소득세(양도세)입니다. 같은 단지라도 어떤 경우에는 “비과세”, 어떤 경우에는 “중과세”, 심지어 “장기보유특별공제 배제”까지 발생합니다. 특히 조합원입주권·분양권·현금청산은 세법상 일반 주택과 다르게 취급되기 때문에, 정확한 기준을 알고 있어야 불필요한 세금 부담을 피할 수 있습니다. 이 글에서는 2025년 기준으로 재개발·재건축 아파트 양도세의 핵심 규정과 주의사항을 상세하게 정리합니다.
📚 목차
1. 양도세의 출발점은 "무엇을 파는지" 구분하는 것
재개발·재건축에서 양도되는 자산은 크게 네 가지입니다.
① 기존 주택(종전주택) 양도
철거 전 가진 집을 매도하는 경우
② 조합원입주권(재개발·재건축 권리) 양도
관리처분 인가 이후 ‘새 아파트를 받을 권리’를 파는 경우
③ 분양권 양도
일반분양으로 취득한 권리를 파는 경우
④ 현금청산
조합원이 되지 못해 감정평가액 기준으로 현금 보상받는 경우
※ 각각의 세금 규정이 전부 다르기 때문에 “내가 지금 파는 것은 무엇인가”를 먼저 정확히 알아야 합니다.
2. 기존 주택(종전주택) 양도세 규정
기존 주택을 파는 경우는 일반 주택 양도세와 동일합니다.
① 핵심 포인트
- 1세대 1주택 비과세 가능
- 단, 입주권·분양권을 보유하고 있으면 주택 수에 포함됨
- 입주권: 2006년 1월 1일 이후 취득 → 주택 수 포함
- 분양권: 2021년 1월 1일 이후 취득 → 주택 수 포함
- 따라서 비과세 요건 충족 여부는 매우 까다롭게 판단됩니다.
② 일시적 1주택 + 1입주권·1분양권 특례
- 조건 충족 시 비과세 가능
- 요건
- 기존 주택 보유 상태에서 입주권(또는 분양권) 취득
- 기존 주택을 3년 내 양도
- 신축 완료 후 1년 이상 거주(입주권의 경우 적용)
- 하나라도 충족 못 하면 비과세 불가 → 다주택 중과 가능
3. 조합원입주권 양도세 (재개발 · 재건축 핵심)
재개발·재건축에서 가장 많이 분쟁이 발생하는 영역입니다. 입주권은 ‘주택’이 아니라 권리’로 보기 때문에 세법 적용이 다릅니다.
① 관리처분 인가 전 양도
- 기존 주택 양도로 보면서 일정 조건에서 장기보유특별공제(장특공) 가능
- 다만 입주권 취득 시점이 중요
- 원조합원(원래 소유자)이면 장특공 가능성 있지만
승계취득 입주권(매매로 산 경우)은 장특공 적용 불가
② 관리처분 인가 후 양도(가장 많이 실수하는 부분)
- 장기보유특별공제 적용 불가
- 인가일(법적 권리 확정) 이후의 상승분은 모두 장특공 제외
- 양도차익이 크면 세금 폭증 가능
※ 예를 들어, 15년 보유한 집이라도 관리처분 인가 후에 입주권 양도한 경우 장특공이 0%가 되어 세금이 크게 나올 수 있음
4. 분양권 양도세 (재개발 · 재건축 공통)
- 주택 수에 포함
- 모든 분양권 양도는 기본적으로 단기양도세 중과
- 보유기간 1년 미만: 세율 45%
- 보유기간 1년 이상: 기본세율(6~45%)
➡ 분양권은 1주택 비과세 요건을 망치기 때문에 반드시 비과세 체크필요
➡ 재개발·재건축에서 일반분양 받은 경우도 동일 적용
5. 현금청산 양도세 (많이 놓치는 세목)
재개발·재건축 과정에서 조합원이 되지 못하거나 선택하지 않으면 현금청산을 받게 됩니다.
① 현금청산 = 양도로 봄 → 양도세 신고 필수
- 청산금은 기존 자산을 조합에 양도한 것으로 간주
- 따라서 양도세 신고해야 함
- 조합은 지급명세를 세무서에 제출하기 때문에 미신고 위험 큼
② 양도차익 계산은 안분 방식
- 기존 취득가액을 면적·지분 비율로 안분하여 계산
- 감정평가액이 높은 경우 양도차익이 크게 잡힐 수 있음
6. 장기보유특별공제 (장특공) 적용 핵심 요약
장특공은 양도세를 크게 줄이는 핵심이지만 입주권·분양권은 적용 범위가 제한적입니다.
① 가능한 경우
- 기존 주택 양도
- 관리처분 인가 전 입주권 양도
- 원조합원의 기존 보유기간 인정
② 불가능한 경우
- 관리처분 인가 후 입주권 양도
- 승계취득 입주권(관리처분 전이라도 장특공 불가)
- 분양권은 보유기간 공제 없음
※ 결론: 재개발·재건축에서 장특공은 인가일과 취득경위가 전부를 결정한다
7. 자주하는 실수 5가지
- 입주권 보유 시 주택 수 포함을 몰랐다
- 분양권도 주택 수 포함이라 비과세가 부인됐다
- 관리처분 인가 후 장특공 적용된다고 오해
- 승계입주권도 오래 보유하면 장특공 된다고 착각
- 현금청산을 비과세로 알고 신고를 누락
※ 이런 실수는 대부분 세금 폭탄으로 이어짐
8. 재개발 · 재건축 양도세는 "시점 + 자산 형태"가 결정
재개발·재건축 양도세는 매우 복잡해 보이지만 실제로는 아래 두 가지만 정확히 파악하면 실수를 거의 피할 수 있습니다.
① 무엇을 양도하는가? (주택·입주권·분양권·현금청산)
② 언제 양도하는가? (관리처분 인가 전·후, 보유기간)
이 두 가지가 비과세·중과·장특공 여부를 결정합니다. 따라서 재개발·재건축을 진행 중인 사람이라면 관리처분 인가일, 입주권 취득경위, 보유자 수 등을 정확히 체크한 후 양도 시점을 전략적으로 선택해야 수천만~수억 원의 세금 차이를 만들 수 있습니다.
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